После событий первой части прошло 3 года. Гэн уже подросток, которому приходится выживать в разгар послевоенной разрухи, голода и при этом заботится о больной матери. Улицы полны детей-беспризорников. Он находит новых друзей, у каждого из которых своя история и свои воспоминания об ужасах прошлого...

Хотя "Босоногий Ген" не вызвал такого бума, как "Сэйлор Мун" или "Евангелион", его по праву называют одним из важнейших когда-либо снятых анимационных фильмов. Созданный по мотивам автобиографической манги Кэйдзи Накадзавы, он рассказывает о взрыве атомной бомбы в Хиросиме. Вторая Мировая Война подходит к концу, Япония постоянно подвергается воздушным нападениям, люди находятся на гране нищеты.