Действие игры "S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти" разворачивается после окончания событий игры "S.T.A.L.K.E.R." и уничтожения Стрелком проекта "О-Сознание". Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль. Операция получает кодовое название "Фарватер".