События игры разворачиваются в 1974 году, через 10 лет после событий Metal Gear Solid 3: Snake Eater и через 4 года после Metal Gear Solid: Portable Ops, в Латинской Америке. В республике Коста-Рика в обстановке глубокой тайны высаживаются целая засекреченная армия — таинственные вооруженные силы с новейшим на то время оружием.