Действие игры разворачивается в антиутопичном мире 2050-х годов. Земля стоит на пороге экологической и экономической катастрофы. Начинается пандемия загадочного неизлечимого вируса. В роли оснащённого последними разработками нанотехнологии агента антитеррористической коалиции ООН (UNATCO) ДжейСи Дентона игрок вступает в борьбу с террористами, взорвавшими статую Свободы в Нью-Йорке.