В любой флэшке установлена микросхема-контроллер. Он отвечает за передачу данных между компьютером и флэш-памятью. Контроллером управляет микропрограмма. Часть микропрограммы записана в микросхеме памяти (а это в основном параметры памяти, транслятор, различные идентификаторы и флаги, например - флаг запрета записи).