Действие игры происходит во время Войн Клонов , в промежутке между 2 и 3 эпизодом. В игре, игроку предстоит принять командование спец-группой клонов-коммандос. Эти элитные клоны-солдаты были специально выведены на клонофабриках планеты Камино. Группа коммандос будет путешествовать по разным местам во вселенной Звёздных войн, включая Геонозис, заброшеный корабль Аккламатор, Кашиик.