История игры начинается через несколько лет после окончания событий первой части. «Вернувшись в родной Вавилон, Принц обнаруживает, что за ним охотится сверхъестественное создание Dahaka – перевоплощение самой Судьбы, жаждущее лишь одного: скорейшей смерти того, кто его потревожил.