Действие игры происходит в мире Полигона спустя некоторое время после завершения миссии игрока в первой части. Исчез контроль Супера, и механоидам стали доступны новые сектора, новые возможности. После Реформации — процесса, к которому, как думают Считающие, приложил силы сам Наблюдатель, — механоиды изменились. Многие старые кланы исчезли. Ушли в небытие их примитивные цели.