Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.

Место действия игры – футуристический Токио, в котором Кен (над его дизайном трудился Keiji Nakaoka, дизайнер персонажей Lost Planet), протагонист Ninja Blade, сражается за права простых японских самураев. В отличие от Ninja Gaiden II, арсенал главного героя заполняют всего три оружия, между которыми можно переключаться в режиме реального времени: katana (быстрые атаки, которыми можно застать врасплох врага), Souken (двойные мечи, легко заменяют нунчаки в бою) и Taiken ( тяжёлый меч, в основном используется против супостатов с тяжёлой бронёй).