Под ландшафтом Аляски вечная мерзлота начинает таять, создавая подземные реки жидкого метана, испарение которого вызывает землетрясения.

Сюжет игры происходит на Земле за 50 дет до событий Quake 2. Земля подверглась массовому вторжению строггов — расса воинственно настроенных киборгов. Правительство земли сформировало армию для защиты от смертельной опасности .

Кровавая битва человечества с инопланетной расой Строггов продолжается. Земляне отчаянно сопротивляются натиску безжалостных пришельцев, но лишь став одним из них, ты сможешь победить. Возглавив элитный отряд десантников, использующих самое современное боевое снаряжение, ты отправляешься на родную планету Строггов. Ты - единственная надежда землян на победу в этой затянувшейся битве.